Le CSRS a évolué institutionnellement en 3 grandes étapes:

1. De 1951 à 2001
2. De 2001 à 2007
3. De 2007 à aujourd’hui

Entre 1951 et 2001, le CSRS a fonctionné avec l’Académie Suisse des Sciences Naturelles (ASSN) comme organe de tutelle, une administration assurée par la Commission du CSRS au sein de l’ASSN, et une direction sur place assurée par un Directeur assumant les fonctions de gestionnaire administratif et scientifique.

Entre 2001 et 2007, période durant laquelle l’accord de siège a été obtenu auprès du Ministère des Affaires Etrangères (mai 2001) et le Jubilé des 50 ans du Centre a été célébré (août 2001), l’organe de tutelle était toujours l’Académie, mais la tutelle du Ministère ivoirien en charge de la recherche scientifique était de plus en plus affirmée ; la Commission du CSRS a continué d’assurer l’administration, mais elle a été complétée en 2001 par un Conseil Scientifique constitué de personnalités en Côte d’Ivoire, Conseil qui avait pour mission d’assister le Directeur sur le plan de la gestion scientifique.
Dans cette période 2001 - 2007, un chercheur africain a été nommé comme directeur du CSRS, le 20ème directeur de la série des directeurs depuis 1951 (tous suisses auparavant), à partir de juillet 2004. Cette africanisation du poste de directeur du CSRS répondait à une volonté de la Commission du CSRS de tenir compte de l’évolution de l’environnement académique et scientifique du continent africain.
Malgré la crise survenue en septembre 2002 en Côte d’Ivoire, la Commission a poursuivi la politique d’évolution institutionnelle dans cette direction, ce qu’elle souhaitait pour le CSRS depuis l’organisation du Jubilé en 2001. En 2006, le Centre Suisse de Recherches Scientifiques a  été le moteur de la signature d’une convention de coopération scientifique historique entre la Suisse (représentée par le SER - Secrétariat d’Etat à l’Education et la Recherche du Département Fédéral de l’Intérieur) et la Côte d’Ivoire (représentée par le MESRS - Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique).

A partir de 2007, avec la signature le 15 juin 2007 d’un nouveau Règlement d’Organisation, la double tutelle par le Gouvernement suisse (à travers le Leading House, l’Institut Tropical Suisse) et le Gouvernement ivoirien (à travers la Direction Générale de la Recherche) a été formellement inscrite dans les documents organiques. Ces nouveaux textes organiques créaient un organe d’orientation appelé le Conseil des Fondateurs, et un Conseil d’Administration composé de représentants de la Suisse, de la Côte d’Ivoire et de la région ouest africaine. Le nouveau règlement d’organisation confirmait l’existence du Conseil Scientifique, et instaurait une Direction générale et un Comité de direction. Un nouvel organigramme a été élaboré selon les nouvelles dispositions et les postes ont été pourvus en janvier 2008.
Le 15 juin 2007, le CSRS signait, avec le Fonds Ivoiro-Suisse pour le Développement Economique et Social (FISDES) d’une part et avec le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique (MESRS) d’autre part, des documents relatifs au lancement du Programme d’Appui Stratégique à la Recherche Scientifique (PASRES) en Côte d’Ivoire, qui confirmaient le CSRS comme Agence d’Exécution dudit programme, pour lequel il a joué un rôle majeur déjà comme co-porteur de projet avec le MESRS.