Communiqué de presse - Lancement d’AMERT pour renforcer l’épidémiologie génomique de la méningite en Afrique
Une initiative conjointe des équipes du CSRS et de l’Université d’Oxford
Abidjan, 5 octobre 2026 — À l’occasion de la Journée mondiale de lutte contre la méningite, l’équipe du Centre Suisse de Recherches Scientifiques en Côte d’Ivoire (CSRS) et l’équipe de l’Université d’Oxford annoncent conjointement le lancement d’AMERT — African Meningitis Epidemiology in Real Time. Cette plateforme facilite le stockage, l’analyse et la mise en contexte des données génomiques sur les bactéries responsables de méningites en Afrique.
AMERT est une initiative conjointe de Dr Kanny Diallo et Dr Tiemele Simon Amoikon, de l’Équipe de Recherche en Épidémiologie Moléculaire (EREM) du CSRS, et du Professeur Martin Maiden et de Dr Keith Jolley, de l’Université d’Oxford. Ce travail commun vise à rendre les données de séquençage plus utiles aux laboratoires et à la surveillance de la méningite bactérienne en Afrique.
La plateforme comprend quatre bases de données, déjà enrichies par un travail de curation de séquences génomiques accessibles au public. Au 1er octobre 2026, elles regroupent 3 237 génomes de Neisseria meningitidis, 95 de Haemophilus influenzae, 312 de Streptococcus agalactiae (streptocoque du groupe B, SGB) et 7 185 de Streptococcus pneumoniae. Ces données constituent une première ressource pour mettre en contexte les séquences des laboratoires participants.
S’appuyant sur l’infrastructure de PubMLST, AMERT offre aux laboratoires participants un espace pour déposer, stocker et analyser leurs données de séquençage tout en conservant leur contrôle et en les gardant non publiques aussi longtemps que nécessaire. Les utilisateurs d’AMERT peuvent consulter les séquences déposées dans la plateforme, mais ne peuvent pas modifier celles d’autres laboratoires. L’accès au sein d’AMERT se distingue ainsi de la mise à disposition publique des données.
La comparaison avec les isolats publics déjà disponibles dans PubMLST permet de replacer les séquences analysées dans des contextes national, régional, continental et mondial. Les laboratoires peuvent ainsi interpréter leurs résultats au regard d’un ensemble plus large de données génomiques africaines et internationales.
À travers cette initiative conjointe, les équipes du CSRS et de l’Université d’Oxford invitent les laboratoires nationaux de référence, les centres hospitaliers universitaires et les centres de recherche à rejoindre AMERT et à y déposer leurs données. Leur participation contribuera à améliorer la représentation des génomes des bactéries responsables de méningites en Afrique, à mieux comprendre leur diversité et leur circulation, et à éclairer les décisions de santé publique.
À l’occasion de la Journée mondiale de lutte contre la méningite, les deux équipes appellent les laboratoires africains à se mobiliser autour d’AMERT pour analyser leurs données et contribuer ensemble au renforcement de la surveillance génomique de la méningite sur le continent.
Fin du communiqué