Le Centre Suisse de Recherches Scientifiques en Côte d'ivoire dispose de sept (7) laboratoires. Il s'agit des laboratoires de biologie moléculaire, de chimie, de microbiologie, de parasitologie, de chimio sensibilité, d'entomologie médicale et de botanique. Le Centre dispose également de deux (2) insectariums. Tous ces laboratoires sont équipés d'un plateau technique performant permettant la réalisation des travaux de recherches de bonne qualité. Ces laboratoires sont par ailleurs dédiés à la formation, la recherche et les prestations de service.
Au niveau de la formation, les laboratoires apportent leur soutien à la formation initiale et à l’encadrement des étudiants.
Au niveau de la recherche et des prestations de service, les laboratoires abordent divers domaines allant de l’hygiène agroalimentaire à la parasitologie humaine, animale et environnementale en passant par la nutrition, la technologie alimentaire, le contrôle qualité des aliments et des eaux, le screening des composés phyto-chimiques des végétaux, la chimie environnementale, la lutte anti-vectorielle, l’identification et la caractérisation moléculaire des vecteurs et des micro-organismes.